污染與交叉污染的發生是GMP無塵室的核心之一。交叉污染是指通過人員往返、工具運輸、物料傳遞、空氣流動、設備清洗與消毒、崗位清場等途徑，將不同品種藥品的成分混入導致污染，或因人為、工器具、物料、空氣等不恰當的流向，使潔凈度低的區域的污染物傳入潔凈度高的區域，而造成交叉污染。那么在湖北GMP無塵室的設計時布局一定要合理。

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1、湖北GMP無塵室合理布置空間面積
合理布局首先要理順工藝流程，避免迂回往返。工作室的平面空間應合理，既有利于操作，又便于維修，不應預留閑置面積和空間。合理的空間與面積，也有利于合理的分區，防止混雜事故。
2、提升設備水平
設備的材質、加工精度、密閉程度以及管理制度都與交叉污染有關。所以除了合理布局外，提升設備的自動化水平和組成聯動的生產線，以減少操作人員，降低人員的活動頻率，是防止交叉污染的必要措施。
3、分設空調凈化系統
湖北GMP無塵室的空調凈化系統應根據不同的潔凈度等級分設。對β-內酰胺類、避孕藥品、激素類、強毒微生物及抗腫瘤藥品、放射性藥品等的工作室，應設置空調凈化系統，其排風口應安裝高效過濾設備，以將這些藥物的污染降至最低限度。對不同潔凈度等級的無塵室，產生粉塵和有害氣體的無塵室，被排介質毒性大的、有易燃易爆氣體的崗位，應單獨設局部排風系統。無塵室的排風口應有防倒灌裝置。送風、回風和排風的啟閉應有連鎖裝置。

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4、嚴格控制人流物流

湖北GMP無塵室應設專用的人流、物流通道。人員應按規定的凈化程序進入，并應嚴格控制人數。對于物料可在除去浮塵后拆去外包通過緩沖間或傳遞柜送入。不同潔凈等級的潔凈區物品則通過傳遞窗傳送。中間站宜設在中心位置，以便縮短運送距離。潔凈區內不設與本崗位無關的管道。充分利用上下或周圍的技術夾層，所有公用管道、工藝管道的主干管均在技術夾層安裝。穿越地面、隔墻的管道盡可能靠近使用點并敷設套管，套管內的管道不應有焊縫，管道與套管之間應有可叉的密封措施。進入無塵室的管道應為不銹鋼材質。